課程大綱：生物信息學：導論與方法培訓
導論與歷史
歡迎(ying)選學(xue)“生物信息學(xue)：導論與(yu)方法”
熟悉生物信(xin)息(xi)學的基(ji)本概念；了(le)解(jie)生物信(xin)息(xi)這一(yi)年輕領域的歷史；體會生物信(xin)息(xi)學的迅猛發展。
課程補充材料可以加深你對課程講座內容的理解，雖然小測和考試對這些內容不作要求。
序列比對
完成(cheng)本模塊的課程后你將可(ke)以(yi)： 掌握基于(yu)動態規劃編程思想的序(xu)列比(bi)對算(suan)法(fa)； 區分(fen)Needleman-Wunsch全局(ju)比(bi)對算(suan)法(fa)和Smith-Waterman局(ju)部比(bi)對算(suan)法(fa)；
了解空位罰分(fen)背(bei)后的(de)(de)(de)原理(li)和計(ji)算算法的(de)(de)(de)復雜(za)度(du)將幫助(zhu)你在(zai)你自(zi)己的(de)(de)(de)研究中應用現有的(de)(de)(de)生物信(xin)息(xi)學工具；
你還可以一睹Smith-Waterman算法的發明人Michael Waterman博士的風采。
序列數據庫搜索
完成本(ben)模塊的(de)課程后你(ni)將可(ke)以：熟悉(xi)序(xu)列數據庫搜索(suo)和(he)常(chang)見(jian)的(de)序(xu)列數據庫；
領略BLAST背后算法的奧妙；掌握日后在你自己的科研項目中調節BLAST參數的方法。
馬爾可夫模型
完(wan)成本(ben)模塊的課程后你將可以：了解狀態轉移、馬爾科夫鏈、馬爾科夫模型的基本(ben)概念(nian)；
親手完成一個隱馬爾科夫模型；利用隱馬爾可夫模型在一個實際的生物學問題中作出預測。
新一代測序(xu)NGS：重測序(xu)的回(hui)帖和變異鑒定
完成(cheng)本(ben)模(mo)塊的(de)(de)課程(cheng)后你將可以：描(miao)述新一代測序(xu)(xu)的(de)(de)特點(dian)；了(le)解你得到的(de)(de)NGS變異結果是用哪(na)些序(xu)(xu)列回帖和變異鑒定方法(fa)完成(cheng)的(de)(de)；
親歷NGS數據分析流程，體會其中生物信息工具在NGS數據分析中的應用。本模塊是模塊7的先修模塊。
變異的功能預測
完成本模(mo)塊(kuai)的(de)課程(cheng)后你將可以：了解什么是變(bian)異功(gong)能預測(ce)和如何進行變(bian)異功(gong)能預測(ce)；
在你得到一(yi)些(xie)可(ke)能的(de)變異位(wei)點(dian)時學會利用變異數據庫解(jie)決自己的(de)研究問題；
了解變異預測工具（SIFT，Polyphen和SAPRED等）背后的機理差異并會在自己的研究課題中按需應用這些工具。
新一(yi)代測序NGS：轉錄組分析RNA-Seq
完成本模塊(kuai)的(de)課(ke)程后你將可以：了解轉(zhuan)錄(lu)組數據(ju)是如何產生的(de)；掌握轉(zhuan)錄(lu)組分析中的(de)重要計(ji)算方法；體驗RNA-seq的(de)數據(ju)分析流程；本模塊(kuai)是模塊(kuai)9的(de)先修模塊(kuai)。
非編(bian)碼(ma)RNA的預測及分析
完成本模塊的課程后(hou)你將可以：掌握從轉(zhuan)錄組數據(ju)中(zhong)分析非編碼RNA的方(fang)法；
掌握從(cong)NGS數(shu)據中鑒(jian)定(ding)長非編(bian)碼RNA（lncRNA）并預(yu)測(ce)其功能的方法。
本體論、分子(zi)通路(lu)鑒定
完成本(ben)模塊的課程后你將可以：了(le)解本(ben)體論(lun)和基因本(ben)體輪等重要定義；了(le)解KEGG通(tong)路數據庫(ku)；
了解GO的注(zhu)釋消息(xi)；在藥物成癮研究中(zhong)學會使(shi)用KOBAS進行(xing)通路分(fen)析。
生物信息(xi)數據庫及軟件資(zi)源(yuan)
完成(cheng)本模塊的(de)課程(cheng)后你將可以(yi)：高屋建瓴的(de)去了解重要的(de)生(sheng)物(wu)信息(xi)資源（生(sheng)物(wu)信息(xi)數據庫和軟件工具等）；對NCBI, EBI, UCSC
基(ji)因組瀏覽(lan)器這樣集中型的(de)生物信息資(zi)源(yuan)與各種獨立的(de)生物信息資(zi)源(yuan)的(de)概況有廣泛的(de)了解和(he)認識；
將你的研究內(nei)容(rong)和相關(guan)生物(wu)信(xin)息資源聯系(xi)在一(yi)起。
新基因起源
完(wan)成本案例模塊的(de)課程(cheng)后你將可(ke)以：體驗(yan)生物(wu)信息數據、方法和分析是(shi)如何解決(jue)一個重要(yao)的(de)演化問(wen)題的(de)；
領略物(wu)種特異性(xing)新基(ji)因的起(qi)源、演化、功(gong)能研究(jiu)和(he)分析方法；
研究案例II- DNA甲基化酶的演化功(gong)能
完成(cheng)本案(an)例模塊(kuai)的課程后你將可以：親歷生物(wu)信息學方法對DNA甲基化酶的功能和演(yan)化的研究；
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