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1、定義不同：臨聘教師又稱代課/頂崗教師，學校教師因為休產假或其他原因，出現臨時性教師短缺，又無法通過教師招聘的方式統一調配，就會招聘臨聘教師，招聘方式由學校自行組織，薪資由學校發放。合同制教師又稱聘任制教師，是用人單位簽訂勞動合同來確定勞務關系的一種工作形式，一般簽訂3至5年的勞動合同，薪資待遇參照在編教師發放。
2、適用范圍不同：合同制教師的主體為企業，聘用合同適用的范圍主要為事業單位。聘用合同是近年事業單位人事制度改革的產物，聘用合同制度的內容反映了事業單位的用人制度通過訂立勞動合同以實現其物質產品的生產。
3、政府干預的程度不同：目前事業單位仍在改革當中，作為聘用合同一方當事人的用人單位尚不是完全意義上的獨立的市場主體，這一點與企業已在改革中成為獨立的市場主體也有所區別。
4、管理監督部門不同：臨聘教師和合同制教師分別由國務院人事部和勞動保障部對其進行宏觀政策指導和監督。
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