1、編制管理不同
原則上，我國公共部門根據不同的編制類型實行不同的人事制度，行政編制人員實行公務員管理制度，事業編制人員實行事業單位人事管理制度。然而，參公事業單位就是我國編制管理和人事制度管理中存在的一個例外，也就是說，參照公務員管理事業單位的工作人員其編制仍然在事業編制序列，然而卻按照公務員管理辦法進行管理。
2、人事制度不同
參公事業單位實行公務員制度，一般事業單位實行事業單位人事管理制度。公務員制度和事業單位人事管理制度在招錄、晉升、薪酬、退休、養老等諸多人事管理方面都存在不同，如招錄制度，參公事業單位和行政機關人員招錄必須遵守《公務員錄用規定》等法律法規的規定，而事業單位工作人員的招聘必須按照事業單位公開招聘的一系列規定執行。
3、享有資源不同
主要表現為兩個方面：第一，通過參公管理身份的確立，能夠增強參公事業單位工作開展的權威性和公信力；第二，參公管理的身份保障了參公事業單位工作人員類同公務員的福利待遇。例如，參公人員基本可以無障礙地在事業單位與國家機關之間進行交流，從而有較大職業發展空間。因此，絕大多數事業單位都非常希望納入參公管理。
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