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1、身份性質不同：公務員身份是行政編，事業單位人員的身份是事業編，行政編的數量占少數部分，事業編則包括教師、醫生等數量龐大的群體。
2、職業穩定性不同：公務員不用交失業保險，而事業單位工作人員要交失業保險。同時，事業編實行合同聘用制，簽訂勞動合同，而同等條件下，公務員則不用簽訂勞動合同，也就是說當前的制度下，事業編與企業職工一樣存在事業的風險。
3、工資待遇不同：公務員有車貼，事業單位沒有，有部分地區公務員有年終獎，事業的也沒有。還有就是事業編制實行績效工資制，未來改革方向也會向企業的工資管理制度靠攏，個人績效與工資相掛鉤，而公務員不會面臨這樣的工資變動。
4、職業發展不同：公務員可以提拔晉升，而且當前公務員實行職級過度，工作滿一定年限可以享受科級待遇，而事業編只能靠職稱漲工資，很多人窮盡一生都是初級職稱，與同齡的公務員相比差別很大。
5、考試難易程度不同：公務員考試考申論與行測兩門，而部分地區的事業編考試只要考一張試卷，里面融合了申論、行測的內容，但是內容相較于公務員考試要簡單些。
